三明森林面积2646万亩，森林覆盖率76.8%、蓄积量1.65亿立方米，是我国最绿省份的最绿城市，2016年被授予“国家森林城市”称号。境内分布高等植物2843种，有陆生脊椎动物594种，是福建省生物多样性最丰富的区域之一。全市自然保护区面积244.4万亩，其中国家级5处、省级6处；森林公园面积37.3万亩，其中国家级6处、省级19处；国家湿地公园2处。森林负氧离子平均浓度达到5000个/立方厘米，是全国平均值的3.4倍。